兩篇發表于《自然》雜志的關于一種可將成熟細胞轉化為干細胞的新方法的爭議性論文被指控存在數據篡改和捏造問題?，F在，論文共同作者提供的基因數據顯示，這種方法所獲得的細胞并非研究小組聲稱的那樣。該說法也得到了另一個來源的支持——用這種方法制造的STAP細胞ELISA試劑盒（由刺激觸發的多能性獲得細胞）也許不過是普通的胚胎干細胞。
這兩項聲明都發布于6月16日，無形中給論文作者、日本神戶市理化研究所（RIKEN）發育生物學中心（CDB）生物學家小保方晴子增加了很大壓力，她需要證明STAP現象是確實存在的。
在受到眾多質疑后，小保方晴子和其他合著者已經同意撤回今年1月發表于《自然》雜志的兩篇描述STAP技術的論文。但目前的問題在于，小保方晴子所聲稱的（將體細胞放入弱酸性溶液中，通過施加刺激后制成的）新型STAP細胞是否真實存在。
克隆老鼠領域的人物、山梨大學的Teruhiko Wakayama現為CDB實驗室負責人，小保方晴子宣稱自己在這個實驗室創造出了STAP細胞。在實驗過程中，Wakayama從實驗室中選取新生小鼠，提供給小保方晴子作為研究對象。小保方晴子表示，自己從小鼠身上提取了體細胞，將其暴露在酸性環境下以制造STAP細胞，之后將其移交給Wakayama。Wakayama接收了“所謂的”STAP細胞并制造了能自我更新的干細胞系。Wakayama還將其注入小鼠胚胎中以制造“嵌合體”小鼠，據稱這種動物能展示細胞的多能性。
在論文出現了一系列問題后，Wakayama開始質疑，ELISA試劑盒他接收到的細胞是否真的是通過STAP方法制成的。他將論文中描述的8個干細胞系送至日本千葉市國立放射學研究所（NIRS），希望得到進一步分析。NIRS的遺傳學家將用于標記某些基因表達的綠色熒光蛋白（GFP）嵌入在小鼠的基因組中。
在Wakayama給小保方晴子的新生小鼠上，ELISA試劑盒GFP基因位于第18號染色體。而在生成的STAP細胞中，GFP基因位于第15號染色體。這有力地表明實驗中所使用的不是同一只小鼠。Wakayama說：“在我的實驗室里，GFP基因位于第15號染色體的現象，既不存在于小鼠身上，也不存在于胚胎干細胞中。”
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